新疆是个多湖泊的省区，湖泊总面积达到10000平方千米，仅次于西藏、青海、江苏居全国第4位。湖泊星罗棋布地颁在高山、高原、盆地、沙漠中，不少湖泊还串联在河流上。湖泊的成因复杂，有断层湖、冰川湖、堰塞湖、风蚀湖、河成湖等等，许多湖泊还是复合成因。湖面颁的高度也相差悬殊，昆仑山地里的许多湖泊，海拔高度都在4000米以上，和田县境内的阿克萨依湖海拔高达4963实；而艾比湖的湖面海拔高程只有189米，吐鲁番的艾丁湖湖面高程为-155米，成了中国陆地的最低点。湖水矿化度普遍偏高，大都为咸水湖或盐湖，但也有水质醇甜的淡水湖。据初步统计，新疆面积大于1平方千米的湖泊有139个，面积大于10平方千米的湖泊有30个，面积超过100平方千米的也有11个之多，而尢以博斯腾湖、乌伦古湖、赛里木湖、艾比湖、艾丁湖、罗布泊（已干涸）最负盛名。高山旅游胜地喀纳斯湖，国家风景名胜区博格达天池以及国家自然保护区天鹅湖则以其优美的旅游风光闻名中外。